16S測序(環境微生物多樣性檢測)

 環境微生物多樣性檢測,是以樣品中的微生物群落作為整體進行研究,通過對核糖體RNA高變區域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)進行PCR擴增和測序,然后分析相應環境下微生物群落的多樣性和分布規律。

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 環境微生物多樣性檢測,是以樣品中的微生物群落作為整體進行研究,通過對核糖體RNA高變區域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)進行PCR擴增和測序,然后分析相應環境下微生物群落的多樣性和分布規律。


 一、技術路線

Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq

 

二、生物信息分析

1. 原始數據整理、過濾及質量評估 

2. OTU生成和注釋

3. 基于物種豐度分析:
    ?稀釋曲線
    ?豐度分布曲線
    ?Alpha多樣性分析
    ?物種豐度差異分析

4. 基于群落結構分析:
    ?單樣品物種分布餅圖
    ?多樣品物種分布柱圖
    ?含進化關系的物種豐度
    ?Beta多樣性分析

5. 根據客戶需求進行個性化分析 


三、樣品要求 

1、樣品采集:樣品采集條件的一致是重要的環節,嚴格按照采樣標準采樣,采樣后立即封存樣品冷凍保存。

2、樣品DNA:環境因素異常復雜,許多物質或抑制因子影響后續PCR、測序文庫構建和序列測定,常規提取方法不一定適合,建議采用專用試劑盒提取。提供濃度≥20 ng/μl,總量≥500 ng的基因組DNA,并確保電泳檢測無明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整;基因組DNA完全無降解;提供DNA電泳檢測照片,用自封袋密封后隨樣品一起送樣。組織樣品>1.5 g。

3、樣品保存期間切忌反復凍融。

4、送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。


五、我們的優勢 

1.能根據合作伙伴的需求,免費設計個性化的實驗方案。

2.??粕鎘滌卸喔魷冉牟廡蚱教?;
    ?Roche 454 FLX+測序平臺:測序序列長,可以覆蓋16S rDNA多V區/18S rDNA和ITS等高變區域;
    ?Illumina Miseq測序平臺:測16S單V區或雙V區。 

3.具有標準化的分析流程。

4.可根據研究目的定制個性化分析服務。


基因測序

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